遥远的未来，地球一度变成冰冻星球。幸存的人类移民外太空，建立了繁荣的殖民星球阿瓦隆，并与外星人成立人类银河联盟。与此同时，名为希迪尔斯的异形肆虐繁殖，与联盟展开旷日持久的战争。在一次针对希迪尔斯母星的战役中，年仅16岁的少尉雷德（石川界人 配音）所在部队遭遇猛烈抵抗。撤退途中，雷德不慎被卷入时空裂缝，与他所驾驶的歼灭兵器钱伯坠落在地球的汪洋中。钱伯被人类打捞到加尔刚蒂亚舰团之上，面对这个与印象中完全不同的人类发源之星，雷德不知所措。在此期间，他和可爱的少女艾米（金元寿子 配音）沟通交流，并成功帮助他们挫败海盗的进攻，赢得地球人的信任。                                                                      　　由于无法联系到友军，雷德只能暂时留在地球。自幼只知道战斗和服从命令的他，面对这群全无纪律和效率可言的人类，心中最深层的情感慢慢苏醒……

动画作品「机动战士高达」的塑料模型通称“钢普拉”在1980年代掀起了一阵狂潮。如今，第2次钢普拉热潮，应该称之为新的浪潮席卷整个世界。受它的人气影响，于是有了“ガンプラバトル”。不是虚拟空间里的CG，而是通过操纵制作好的钢普拉来战斗，使用划时代的系统参加世界大赛。                                                                      　　故事的主人公入尾成十分钟爱钢普拉，参加钢普拉战斗世界大赛，是这个年轻的钢普拉builder的梦想。作为模型店唯一的一个儿子拥有者超高的钢普拉制作技术的他，却对战斗的操纵十分生疏，以至于在大赛出场的第一战就败北。他遇到了一个叫做雷吉的有着超凡的钢普拉操纵技术的迷般的少年，他们组队像世界大赛发起挑战，目标是参加世界大赛，然后胜利！

马天与邪恶李博士合作，企图发明可怕传染病毒和疫苗来大赚黑心钱，未料在一次运输意外中将未成熟的病毒扩散在城市里，此阶段的病毒会选择有犯罪基因的人做为宿主，并变异人类基因成为暴恶兽人-欧克瑟。另一方面，科学家柯国龙利用大自然的四元素（火、水、气、土）能量，发明了四套超级铠甲（火焰铠甲拿瓦、海啸铠甲茨纳米、旋风铠甲驭拏多、晶钢铠甲酷雷伏），只有自然的四元素能量能消灭反自然病毒的黒能量。随着对欲望的走火入魔以及对暴恶兽人欧克瑟研究的进展，马天有了建立欧克瑟世界的疯狂念头；所幸，以端木燕为首的一群热血青年开始介入欧克瑟案件，成功阻止马天的计划。端木燕、马阔海、萧风、柯胜、马灵灵等青年一方面以科学推理的侦探精神协助警方将欧克瑟案件侦破，另一方面即利用超级铠甲的自然能量给予违反自然的可怕欧克瑟迎头痛击。

西元2199年，来自太阳系外的敌人加米拉斯帝国，为了挽救母星的危亡，开始侵略其他星球。地球军在与加米拉斯帝国军的交战中惨败，同时加米拉斯帝国军向地球发射大量含有放射能的游星炸弹。地球的抵抗力量越来越弱。本与加米拉斯为双子星球的伊斯坎达尔星球仗义相助，向地球发送了波动引擎和波动炮的设计图纸，并告知地球军本星球拥有清除放射能的设备“宇宙清洗器D”。在与欧洲、美洲失去联系的情况下，地球防卫军利用伊斯坎达尔星球提供的技术将沉睡于海底的大和号改造为宇宙战舰。大和号全体乘员踏上了取回“宇宙清洗器D”的漫漫征程。