铃木园子的叔叔次郎吉不甘心失败，决定再次向怪盗基德发出挑战。这位坏脾气的大叔斥巨资制造了巨型的飞船贝尔·雪利二世号，并以镶嵌有名贵宝石“天空的贵妇人”的戒指作赌注，邀请基德前来挑战，看他能否在东京到大阪的这6小时时间内完成这项困难的任务。柯南、小兰等人理所当然也接到邀请，甚至电视台的人也兴师动众前来。随着时间的流逝，双方的对决悄悄展开。另一方面，恐怖组织红色暹罗猫也登上了飞船。此前不久，红色暹罗猫袭击了国立东京微生物研究所，并盗走一种致命的病毒。
　　本片根据青山刚昌的同名漫画改编，是该动画的第14部剧场版。

　　向往都市生活的少年竜之峰帝人受好友纪田正臣邀约离开家乡来到东京，随后，帝人进入东京池袋来良学园上学。正臣告诉他，在池袋生活有几个绝对不能招惹的人物，尤其是生性好斗的小混混平和岛静雄和经营着情报屋的折原临也这两个人。正臣还告诉他，池袋有一个奇妙的组织体系，正体不明，仅仅知道这个街头暴力组织名叫“Dollars”。然而，没想到上京的头一天，因为正臣的话而感到不安的帝人就亲眼目睹了骑着黑色摩托在街头穿行的都市传说“无头骑士”……

　　在“TokyoExplosion”的未知灾难背后，有一名暗中活跃的契约者——代号“黑”，被称为黑色死神的男人。制造了与“组织”敌对的事件，黑和他的同伴，身为DOLL的银一起踏上了逃亡之路。他们一边击退组织派来的刺客，一边向南方前进。在漫无尽头孤独的逃亡旅程中，两人可以信赖依靠的，只剩下彼此而已……
　　夏日的阳光下，黑和银寻得了片刻的休憩。但是，幸福的时间并未长久，深重冷酷的黑暗已悄悄迫近。本是失去自我的DOLL的银在与黑共处的日子里，渐渐开始表现出自己独立的意志。对银的变化感到困惑焦躁的黑，却并不明白这意味着怎样的事实
　　对于发生着变化的自己，银也非常苦恼。想和黑在一起，但是这样下去的话……以银为目标的狙击者出现，新的斗争也被点燃。命运的选择再次降临到黑的头上。几乎把两人之间的羁绊撕裂的悲剧的序幕，正悄无声息的开始上演……

　　「东之伊甸」剧场版将会以两部曲的形式上映，第一部分「东之伊甸 剧场版Ⅰ The King of Eden」预定于2009年11月28日上映，而第二部分「东之伊甸 剧场版Ⅱ Paradise Lost」则将会于2010年1月上映。并且已经开始发售特别监赏门卷。
　　泷泽朗与森美咲从美国回到了日本，他们与“东之伊甸”的成员们汇合，大家准备摒弃杂念再度为了拯救日本而行动起来。与“塞尔颂”之间的最后决战即将拉开序幕……